Une fois les applications et les bases migrées, il a fallu modifier ces applications pour repérer et transformer les appels aux commandes du système CMS.

Il s'agissait de lister des fichiers, de lire ou créer des fichiers de petite taille, de connaître les attributs d'un fichier ...

Tous ces problèmes ont été traités soit par usage d'outils standard (lire ou écrire globalement un fichier texte), soit par l'écriture de (petites) procédures ooRexx, interfacées avec APL2 pour des travaux complémentaires sur les fichiers.